
El templo es de planta de cruz latina, con bóveda de cañón iluminada por una ventana circular, situada en la portada (motivo arquitectónico que se repite idéntico en el Santuario de Chircales) y cuenta con una bóveda de media naranja en el crucero, con molduras circulares en las pechinas que debieron de acoger pinturas al fresco. El presbiterio está elevado sobre el suelo de la iglesia y posee dos púlpitos de hierro forjado a ambos lados. En la actualidad acoge la mesa de altar y un manifestador que contiene el Sagrario. Sobre éste y en la pared se aloja una bella imagen de un crucificado, de factura moderna. En 1782, el presbiterio acogía una imagen de San Sebastián con cuatro candeleros de metal dorados.
En el lado del Evangelio (el de la izquierda) se situaba el altar de San Diego de Alcalá, que contenía una imagen del Santo, dos candeleros de metal dorado y una cruz dorada con Cristo. Actualmente la hornacina la ocupa una imagen muy reciente de San Sebastián, titular de la iglesia. Frente al altar se abre una puerta que da acceso a dependencias de la ermita. En el testero central se aloja una pequeña imagen de la Virgen del Pilar y una vidriera con la imagen del Stmo. Cristo de Chircales.
En el lado de la Epístola estaba situado el altar de San Nicolás, con una imagen del santo e idéntico ajuar litúrgico que el de San Diego de Alcalá. En la actualidad la hornacina la preside una imagen de San José y el testero central lo ocupa una talla excelente de Cristo Yacente obra del escultor tosiriano, Giménez Martos, recientemente restaurada. Sobre ésta aparece una imagen de la Virgen del Perpetuo Socorro. En el otro testero se abre la puerta de la Sacristía.